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처음에 첫 번째 반복문에서 s1, s2 순서를 반대로 해서 틀렸었다.
아무리 봐도 맞는 것 같았는데 틀려서 짜증 났는데 순서를 바꾸니 바로 해결됐다.
s1, s2 = map(str, input().split())
for i in range(len(s1)):
if s1[i] in s2:
col = i
row = s2.index(s1[i])
break
for i in range(len(s2)):
if i == row:
print(s1)
else:
print('.'*col + s2[i] + '.'*(len(s1)-col-1))
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